南通市图书馆从2016年开始,开启了打造“行业分馆服务体系”的创新之路。与南通市中级人民法院共建的法律分馆,以法律类文献为主,且实现其订购的中国知网法律数据库与市图书馆共享;与原南通市地税局共建的税务分馆,以经济和税务类文献为主,且实现其订购的知网税务数据库与市图书馆共享;与南通监狱共建的警务分馆,以思政教育及技能培养类文献为主;与崇川区人民检察院共建的崇川检察分馆,以经济与金融犯罪类文献为主,配备自助借还设备和门禁系统,可实现24小时自助服务;与南通市气象局共建的天文气象分馆,以天文、气象类文献为主;与党史办南通方志馆共建的史志分馆,以地方志、地方文献为主,图书以阅览为主,配有书目检索机、门禁系统。各个行业分馆与具有百年历史的南通市图书馆联网,共享170万册藏书,25个电子数据库资源,形成资源共享、协同采编、统一认证、一卡通用、通借通还的一站式服务的行业分馆服务体系。